DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13126 Cc1nc2ccc(C(=O)Nc3ccc(Cc4c(C)n(C)c5ccccc45)cc3)cc2s1 AlphaDrug 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13127 Cc1nnc(-c2ccc(COc3ccc(C(=O)NC4CCCCCC4)cc3)cc2)nc1N AlphaDrug 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13128 Cc1ccc(-c2cc3nc(C)c(=O)n(C)c3cc2Cl)cc1 AlphaDrug 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13129 Cc1nc2cc(C(=O)Nc3ccc(Cl)c(Cl)c3)ccc2s1 AlphaDrug 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13130 Cc1nc2cc(-c3ccc(OC4CCN(c5ccccc5)CC4)cc3)nc(C)c2n(C)c1=O AlphaDrug 5OS2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13131 Cc1nc2cc(-c3ccc(F)cc3)c(Cl)cc2n1CCN1CCCC1 AlphaDrug 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13132 Cc1nc2cc(C(=O)NCc3ccccc3)c(Cl)cc2n1-c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13133 Cc1nc2cc(-c3ccc(OC4CCN(C(=O)c5cccc(Cl)c5)CC4)cc3)c(F)cc2n(C)c1=O AlphaDrug 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13134 Cc1nc2cc(-c3ccc(OC4CC4)cc3)c(F)cc2n(C)c1=O AlphaDrug 5OS2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13135 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc(C(=O)NC2CCCCC2N)cc1 AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13136 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc(C(=O)Nc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13137 CC(C)c1cc2cc(-c3ccc(N4CCC(NC(C(=O)O)c5ccccc5)CC4)cc3)sc2c(N)n1 AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13138 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccc2cc(C(=O)O)ccc2c1)C(=O)Nc1nc2ccccc2s1 AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13139 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)OC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)s1 AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13140 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc2c(c1)CCCC2 AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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