DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13186 CC(CN1CCN(c2cc(-c3cc(C4CCCC4)cc(C4CC4)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1)c1cccc(F)c1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13187 CC1(C)CCN(C(=O)c2cccc(Nc3nc(-c4ccncc4C(F)(F)F)nc(C4CC4)n3)c2)C1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13188 CC1(C)CCN(C(=O)c2cccc(Nc3nc(NC(=O)CN)nc(-c4ccccc4)n3)c2)C1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13189 CC1(C)CCN(C(=O)c2cccc(NC(=O)C3Cc4ccccc4C3)c2)C1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13190 CC1(C)CCN(C(=O)c2cccc(Nc3nc(-c4ccccc4)nc(N4CCNCC4)n3)c2)C1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13191 CC1(C)CCN(C(=O)c2cccc(Nc3nc(-c4ccccc4Cl)nc(C4CC4)n3)c2)C1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13192 CC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(OC3CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC3)c3ncn(C)c3n2)CC1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13193 CC1(C)CCN(C(=O)c2cc(OCCC3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)cc(N)n2)C1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13194 CC(C)N1CCN(c2cnc(C(=O)Nc3cccc(C(=O)N4CCC(C)(C)C4)c3)c(Cl)n2)CC1 AlphaDrug 4MN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13195 CC(C(=O)N1CCC(C(=O)NC(C(=O)O)C(F)(F)F)(c2ccc(F)cc2)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 4CU8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13196 C/C(=N/C(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O AlphaDrug 4CU8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13197 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1/C(=N/C(=O)N2CCOCC2)Oc2cc(Cl)ccc21 AlphaDrug 4CU8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13198 C/C(=N\C(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(CO)C(=O)O)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O AlphaDrug 4CU8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13199 CC(C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)O)C1CN(Cc2ccccc2)C(=O)C1O AlphaDrug 4CU8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13200 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)c1ccc(OCc2ccc(Cl)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 4CU8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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