DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13216 Cc1c(C(N)=O)c2ccccc2c(=O)n1Cc1cccc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 6NCO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13217 Cc1c(-c2cn[nH]c2-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c2ccccc2c(=O)n1C(N)=O AlphaDrug 6NCO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13218 Cc1c(C(F)(F)F)c2ccccc2c(=O)n1Cc1cccc(-c2ccc(C(O)(C(F)(F)F)C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 6NCO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13219 Cc1c(C(F)(F)C(F)(F)F)c2ccccc2c(=O)n1Cc1cccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 6NCO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13220 Cc1c(C(N)NC(=O)C(F)(F)C(F)F)c2ccccc2c(=O)n1Cc1cccc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 6NCO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13221 Cc1c(-c2ccc3ccccc3c2)c2ccccc2c(=O)n1C(N)=O AlphaDrug 6NCO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13222 Cc1c(C(F)(F)F)c2ccccc2c(=O)n1Cc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 6NCO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13223 CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)OCc1ccc2ccccc2n1)C(=O)N1CCC(N(C)C(=O)O)C1 AlphaDrug 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13224 CC(=O)N(C)C1CCN(C(=O)C(NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C(Cc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)OCc2ccc3ccccc3n2)C(C)C)C1 AlphaDrug 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13225 CC(C)C(NC(=O)C(N)CNC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)O AlphaDrug 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13226 CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)CN1CCCC1C(=O)O)C(=O)NC(C(C)C)C(O)CNC(=O)C(N)Cc1ccccc1 AlphaDrug 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13227 CNC(=O)C1CCCN1C(=O)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)OCc1ccc2ccccc2n1)C(C)C AlphaDrug 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13228 CC(N)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C=O)C(C)C AlphaDrug 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13229 CC1(C)CCC(NC(=O)NCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)CN1C(=O)c1ccc(C2CC=CCC2)cc1 AlphaDrug 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13230 CCC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C(=O)NCc1ccccc1)C(C)C AlphaDrug 5I3X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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