DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13156 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13157 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(C(F)(F)F)nc3ccc(N4CCCCC4)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13158 N#Cc1ccc2nc(-c3ccccc3)nc(Nc3ccc(S(N)(=O)=O)cc3)c2c1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13159 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)c(Cl)c3)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13160 Nc1nc(F)c(-c2ccc(C(=O)NCCCCCn3ccnc3)cc2)nc1-c1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13161 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13162 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(C(F)(F)F)nc3ccc(N4CCNCC4)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13163 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc4ccncc4c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13164 C#CCn1c(NS(N)(=O)=O)nc2ccc(C(=O)NCCCCCCCCCCCNC(=O)c3ccc(N4CCCCC4)cc3)c(Cl)c21 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13165 CCc1ccc(Oc2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cn2)c2ccccc12 AlphaDrug 4NUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13166 CCc1ccc(Oc2ccccc2-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4NUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13167 CC(C)C(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(Oc3ccccc3)c(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4NUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13168 CCc1ccc(Oc2ccccc2-c2ccc(-c3ccc(C4CC4)nc3)cc2)cc1OC AlphaDrug 4NUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13169 CCc1ccc(Oc2ccccc2-c2ccc(CO)c(-c3ccccc3)c2)cc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4NUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13170 CCc1ccc(Oc2cccc(-c3ccc(C(=O)NC4CCN(C)CC4)cc3-c3ccccc3)c2)cc1C(=O)OC1CCC(C(=O)O)C1 AlphaDrug 4NUC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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