DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13096 Cc1c(-c2cccc(Oc3ccccc3)c2)cc2ccccc2c1C(=O)NC1CCc2ccccc21 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13097 Cc1cc(C(=O)NO)c2cc(-c3cccc(CC(O)c4ccccc4)c3)ccc2c1-c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13098 Cc1cc(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C(N)=O)cc3)cc2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13099 Cc1cc(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(CC(C)(C)C(=O)O)cc2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13100 Cc1cc(C(=O)NO)c2cc(CC3CCCCC3)ccc2c1NC(=O)C1CCCCC1NC(=O)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13101 Cc1cc(C(=O)NO)c2cc(-c3cccc(Cc4ccccc4)c3)ccc2c1-c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13102 Cc1cc(C(=O)NO)c2cc(-c3cnn(C)c3)ccc2c1-c1ccc(OCC(=O)O)c(OCC(=O)O)c1 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13103 Cc1cc(C(=O)NO)c2cc(-c3cccc(CC(N)=O)c3)ccc2c1-c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13104 Cc1cc(C(=O)NO)c2cc(-c3cnnn3C)ccc2c1-c1ccc(OCCCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 6K04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13105 CN(C)c1ccc(N2C(=O)CSc3ccccc32)c2ccccc12 AlphaDrug 6DYS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13106 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(-c3cc(=O)n(C)c4ccccc34)cc2)cc(O)c1O)c1ccccc1 AlphaDrug 6DYS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13107 CN(C)c1ccc(N2Cc3ccc(C4CCC(=C(O)C(=O)O)CC4)cc3C2=O)c2ccccc12 AlphaDrug 6DYS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13108 CN(C)c1ccc(N2C(=O)c3ccc4ccccc4c3C2=O)c2ccccc12 AlphaDrug 6DYS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13109 CC(c1cccc(O)c1)C(C)(O)c1ccc2c(c1)C(=O)N(c1ccc(N(C)C)cc1O)C2=O AlphaDrug 6DYS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13110 CN(C)c1ccc(N2C(=O)c3ccc(C(C)(O)c4ccc5c(c4)OCO5)cc3C2=O)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6DYS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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