Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13036	OCc1cc(-c2nnc[nH]2)cc2nc(-c3c[nH]c4ccccc34)[nH]c12	AlphaDrug	4LM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13037	COC1C(CO)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4LM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13038	CC(C)(C)N1CCC(Nc2nc(Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c(Cl)cc2F)CC1	AlphaDrug	4LM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13039	CC12OC(C(C(=O)O)OC1CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4LM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13040	O=C(NC1CCN(c2ccc(-c3ccc4nccc(-c5ccccc5)c4c3)cc2)CC1)c1ccccc1	AlphaDrug	4LM3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13041	COC1C(CO)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4LM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13042	O=C(c1ccc(-c2ccc3cccc(OCC4CC4)c3c2)cc1)N1CCNCC1	AlphaDrug	4LM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13043	O=C(O)CC1CCCN(c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2C(F)(F)F)C1	AlphaDrug	4LM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13044	NC(=O)c1ccc(-c2n[nH]c3c(NC4CCC(O)C4)ncnc23)cc1	AlphaDrug	4LM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13045	Nc1ccc(-c2cccc(CNC(=O)c3ccc(CNC(=O)Cc4ccccc4N)cc3)c2)cn1	AlphaDrug	5UPE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13046	Nc1ccccc1CC(=O)NCc1ccc(C2CCNCC2)nc1O	AlphaDrug	5UPE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13047	Nc1ccccc1CCNC(=O)c1ccc(C(=O)NCc2ccc(OCc3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5UPE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13048	Nc1ccccc1CC(=O)NCc1ccc(C(=O)NCc2cccc(-c3ccc4c(c3)CNCC4)c2)cc1	AlphaDrug	5UPE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13049	Nc1ccccc1CC(=O)NCC1CCCC1	AlphaDrug	5UPE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13050	Nc1ccccc1CC(=O)NCc1cccc(-c2ccccc2)n1	AlphaDrug	5UPE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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