Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13006	Cc1cc(N2C(=O)c3ccc(Cl)cc3C2=O)ccc1C(=O)N1CCC(CN(Cc2cccc(-c3ccccc3)c2)C(=O)c2cc(F)cc(OC(C)C)c2)CCC1C	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13007	CCC(=O)N1CCC2(c3ccc4c(c3)OCCO4)CCN(CC2)C(=O)CCC2(CCCC2)NC(=O)C(Cc2cccc(N)c2)NC(=O)C2CCCN2C1=O	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13008	Cc1cc(C2(C(=O)NCc3ccccc3)CC2)ccc1C(=O)N1CCC(CN(Cc2cccc(-c3ccccc3)c2)C(=O)c2cc(F)cc(OC(C)C)c2)CCC1C	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13009	Cc1cccc(C(=O)Oc2cccc(-c3cccc(CN4CC(N(C)C(=O)c5ccc(O)cc5)CCC(C)C4=O)c3)c2)c1	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13010	Cc1cccc(-c2csc(C(=O)N3CC(C(=O)NCc4ccc(-c5ccccc5)cc4)CCC(C)C3=O)n2)c1	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13011	CC(C)Oc1cc(F)cc(C(=O)N(Cc2cccc(-c3ccccc3)c2)CC2CCC(C)N(C(=O)c3cc(=O)ccc(N)c3C(=O)NC3CCCCC3)CC2)c1	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13012	Cc1cc(-c2ccccc2)ccc1C(=O)N1CCC(CN(Cc2cccc(-c3ccccc3)c2)C(=O)c2cc(F)cc(OC(C)C)c2)CCC1C	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13013	Cc1ccc(C(=O)C(=O)N2CC(NC(=O)c3cc(Cl)cc(C4CC4)c3)CCC2C)cc1	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13014	CC(C)Oc1cc(F)cc(C(=O)N(Cc2cccc(-c3ccccc3)c2)CC2CCC(C)N(C(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3Cl)CC2)c1	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13015	Cc1cccc(C(F)(F)F)c1C(=O)N(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)CC1CCC(C)CC1	AlphaDrug	4O9V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13016	Cc1ccc(NCCC2CCCCC2)c(Cl)c1S(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6HH3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13017	Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1S(=O)(=O)C(C)NC(=O)C1(c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CCCCC1	AlphaDrug	6HH3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13018	Cc1ccc(C(N)=O)cc1S(=O)(=O)C(C)NC(=O)c1ccsn1	AlphaDrug	6HH3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13019	Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)c3ccc(NS(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4Cl)c(Cl)c3)cc2)cc1CC(N)=O	AlphaDrug	6HH3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13020	Cc1ccc(-c2coc(=O)c3ccc(OCC(=O)O)cc23)cc1	AlphaDrug	6HH3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

13006 to 13020 of 73725 items. Total 4915 pages.