Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12961	COc1ccc(-c2ccc(C3(C(F)(F)F)CCCC3)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12962	COc1ccc(-c2ccc3cc(O/C=C/CC(F)(F)F)ccc3c2)cc1C(N)C1CCN(C)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12963	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C)cc3)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12964	COc1ccc(-c2ccc(C3(c4ccc(O)cc4)C=CC=C3)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12965	COc1ccc(-c2ccc(C3CN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3O)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12966	CC(CN1CCC(=N)NCCCCCCCCCCCCCCCCCCNC(=O)CCCCCCC1=O)N1CCN(C2CCCCC2)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12967	COc1ccc(Cc2cc(C(=O)NCc3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)ccc2OC)cc1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12968	COc1ccc(C(=O)Nc2cccc3cc(OCCCCC(=O)O)ccc23)cc1OC	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12969	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12970	COc1ccc(Cc2cc(C(=O)NCc3ccc(C4CCN(C(N)=O)CC4)cc3)ccc2OC)cc1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12971	COc1ccc(Cc2cc(C(=O)NCc3ccc(/C4=C/C=C(/c5ccc(O)cc5)CCCCCCCCCCCCCCCCC4O)cc3)ccc2OC)cc1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12972	COc1ccc(S(=O)/C2=C/C=C3\C=C(\O)C(COCCCSCCNCCCCCCCCCCCCCO3)OCC(N)C(O)C2O)cc1Cl	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12973	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccccn3)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12974	COc1ccc(-c2ccc(C3=CCCCC3)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12975	COc1ccc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	4Q8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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