DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13021 Cc1ccc(C(=O)NC2CCCCCC2)cc1S(=O)(=O)C(C)NC(=O)c1ccc(-c2ccc(F)cc2)c(Cl)c1 AlphaDrug 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13022 Cc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1S(=O)(=O)C(C)NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13023 Cc1ccc(-c2ccc(Cl)c(Cl)c2)cc1S(=O)(=O)C(C)CC1CCCCC1 AlphaDrug 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13024 Cc1ccc(C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(F)(F)F)cc1S(=O)(=O)C(C)N1CCCCC1=O AlphaDrug 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13025 Cc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)NC3CCCCC3)cc2)cc1S(=O)c1ccc(-n2ccnc2)cc1 AlphaDrug 6HH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13026 NS(=O)(=O)c1cc(Nc2nccc(-c3ccc(NC4CCCCC4)c(F)c3)n2)ncc1F AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13027 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2ncc(F)c(N3CCCC3)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13028 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3ccnc(N4CCCC4)c3)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13029 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13030 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3ccc(F)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13031 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3ccccn3)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13032 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13033 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3cccc(NC4CCCCC4)n3)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13034 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3ccnc4[nH]c(=O)[nH]c34)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13035 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3ccnc(NC4CCCCC4)c3)n2)cc1 AlphaDrug 6G34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

13021 to 13035 of 73725 items. Total 4915 pages.