DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12991 CC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1C(=O)Nc1ccccc1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12992 CC(=O)Nc1ccc(CN2C=CC(NC(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12993 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)c(C#N)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12994 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(NCc3ccc(C#N)cc3F)CC2)cc1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12995 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(NC(=O)c3cccc(Cl)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12996 CC(C)c1ccc(-c2sc(NC(=O)C(C)(C)C)nc2NC(=O)C(NCC(=O)CN2CCN(C3CC3)CC2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12997 CC(C)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(CNC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c(=O)c4cc(=O)[nH]c(=O)cc34)on2)cc1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12998 Cc1c(S(=O)(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)cc2c(c1O)C(=O)CCC2 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12999 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3CN3CCN(C(=O)Cc4ccccc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13000 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccncc3)s2)cc1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13001 CC(C)c1ccc(-c2cc3cc(-c4cc5cnc(NCC6CC6)n5cc4F)ccc3cn2)cc1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13002 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13003 Cc1ccccc1-c1cc(C(=O)NCc2ccc(C(C)C)cc2)ncn1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13004 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)c2cc3c(-c4cccc(F)c4)c[nH]c3cc2F)cc1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13005 C=CC(=O)N1CCCC1C(=O)Nc1cnc(C(F)(F)F)c(-c2ccc(C(C)C)cc2)c1 AlphaDrug 4RRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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