Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12931	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(Cl)cc2-c2ccc(F)c(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12932	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CNC(=O)c4ccccc4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12933	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(/N=C3\C(=O)NC(=O)c4ccccc43)cc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12934	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccccc3CC3CCC=CCC3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12935	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4ccccc4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12936	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)CC4CCCCC4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12937	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(Cl)c(N=C3CCCCCC3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12938	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4ncccc4C(F)(F)F)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12939	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CCCCC(=O)O)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12940	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4ncnc5c(C(=O)O)cccc45)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12941	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccccc2-c2ccc(Cl)cc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12942	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(Cl)c(-c3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12943	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(N3CCCCC3=O)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12944	NC(=O)C1CCN(C(=O)c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6DPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12945	NC(N)=Nc1ccc2ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c3cc(O)cc(O)c3F)cc2c1	AlphaDrug	6DPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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