DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12871 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(N4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12872 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCCC(C(=O)O)N(CC(=O)O)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12873 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CN4CCCCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12874 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(Cl)cc2-c2ccc3c(C)nc(NC(C)=O)nc3c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12875 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccncc3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12876 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCC(Oc4ccccc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12877 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CCN4CCCCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12878 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4ncnc(N)n4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12879 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccc(N3CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12880 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCN(C(C)C)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12881 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4cccc(C(N)=O)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12882 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(Cl)cc2-c2cccc(OC(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12883 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(N3CCN(c4ccncn4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12884 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(Cc4ccccc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12885 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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