DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12841 CC(C)C(O)(c1ccc(O)cc1)C1CCCN1C(=O)c1cccc(C(F)(F)F)n1 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12842 CC(C)C(O)(c1ccc(O)cc1)C1C=CCCN1C(=O)c1ccc(OC(F)F)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12843 CC(C)C(O)(c1ccc(O)cc1)C1CCCN1C(=O)c1ccc(OCc2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12844 CC(C)C(O)(c1ccc(O)cc1)C1CCCN1C(=O)c1ccc(OCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4UIN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12845 CC(C)C(O)(C(=O)NCCC(=O)NC1CCCCN(c2ccccc2)C1)c1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12846 CC(C)C(O)(c1ccc(O)cc1)C1CCCN1C(=O)c1ccc(N2CCCC2)cc1 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12847 CC(C)C(O)(C(=O)Nc1ccc(CC2=CCCN(c3ccccn3)CC2)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12848 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(Nc4ccccc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12849 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccccc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12850 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(Cc4ccccc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12851 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(N4CCC(N)C4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12852 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N=C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12853 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCCC(N(C)C)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12854 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(CCC(=O)O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12855 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(Cl)c(-c3cccc(OC(F)F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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