DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12856 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CO)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12857 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(Cl)c(-c3cccc(OCC(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12858 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N=C3CCCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12859 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCN(C(=O)CCCO)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12860 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(F)c(N4CCCCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12861 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12862 COc1ccc(S(=O)(=O)n2cc(-c3ccc(N4CCCCC4)cc3)cn2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12863 CCOc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12864 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4cccc(S(N)(=O)=O)c4)n3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12865 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(N4CCCC(N)C4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12866 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4nc5ccccc5[nH]4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12867 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4cccc(S(N)(=O)=O)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12868 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(Cc4cccc(S(N)(=O)=O)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12869 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4ccc(N5CCN(C(=O)O)CC5)cc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12870 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccccc2-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 3R58 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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