Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12811	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCC4C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12812	Cc1cc2c(cc1OCCCCN1CCOCC1)/C1=C/C3=CC(=C4C=CC=CC=C4C(=O)N3)CCCC1C2	AlphaDrug	5NEA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12813	Cc1cc2ncn(CC3CCCCC3)c2cc1NC(=O)C1CCCc2ccccc21	AlphaDrug	5NEA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12814	CC1=C(Cl)/C=C2/C(NC(=O)CCC(=O)O)CCCCCC23C=CC2(CCCCC/C2=C/1)C3	AlphaDrug	5NEA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12815	Cc1cc2nc(SCC3CCCCC3)n(C3CCCCCC3)c2cc1Cl	AlphaDrug	5NEA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12816	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccc5c(ccn5C)c4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5NEA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12817	COc1cc2c(cc1C)CCCC1C(CCC1(C)C)C2=O	AlphaDrug	5NEA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12818	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc(C(=O)O)ccc3n2Cc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)C1	AlphaDrug	4MC6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12819	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc(C(=O)O)ccc3n2Cc2ccccc2)C1	AlphaDrug	4MC6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12820	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc(C(=O)O)ccc3n2Cc2ccccn2)C1	AlphaDrug	4MC6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12821	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc(-c4cccc(CC(=O)O)c4)ccc3o2)C1	AlphaDrug	4MC6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12822	CC(=O)N1C=CCC(N(C)c2ccc(-c3cccc(Oc4cccc(OC(C)C)c4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	4MC6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12823	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc(Cl)cc(Oc3ccc(Cl)cc3)c2)C1	AlphaDrug	4MC6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12824	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc(-c4ccc(C(=O)O)c(Cl)c4)ccc3n2Cc2ccccc2)C1	AlphaDrug	4MC6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12825	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc([N+](=O)[O-])c(Cl)cc3[nH]2)C1	AlphaDrug	4MC6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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