DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12826 CC(=O)N1Cc2ncn(C3CCCCC3)c2C1Cc1cccc(OC(C)(C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 4MC6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12827 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc(C4OC(C)(C)CN(C)C4=O)ccc3n2CCC(O)C(=O)O)C1 AlphaDrug 4MC6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12828 CNc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(Nc4ncnc5cc(Cl)ncc45)c3C)cc3c2ncn3C)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12829 CNc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(C)c(Nc4nc5ccccc5s4)c3C)cc3c2ncn3C)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12830 CNc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(F)c(C)c(F)c3)cc3c2ncn3C)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12831 CNc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(Nc4ccccn4)c3C)cc3c2ncn3C)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12832 CNc1cc(Cc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(Cl)cc4)c3)s2)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12833 CNc1cc(-c2cc(C(C)(O)c3nc(-c4ccccn4)cnc3N)cc3c2ncn3C)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12834 CNc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc3c2ncn3C)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12835 CNc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(CO)c(Nc4cc(N5CCOCC5)ncn4)c3)c(F)cn2)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12836 CNc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(C)c3C)cc3c2ncn3C)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12837 CNc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(Nc4ccc5cn[nH]c5c4)c3)cc3c2ncn3C)ccn1 AlphaDrug 4MPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12838 Cc1cccc(-c2ncc(N3CCC4(CC3)CC(C(O)(c3ccc(O)cc3)C(C)C)CO4)s2)c1 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12839 Cn1c(C2CCN(C(=O)Cc3ccccc3-c3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)nc2ccccc21 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12840 CC(C)Cn1cc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(OCc4ccccc4)c3)cc2)cn1 AlphaDrug 4UIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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