Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12766	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)NC5CCCC5)CC(F)(F)C(F)(F)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12767	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCN(C(=O)N5CCCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12768	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCCC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12769	Cc1cc(-c2ccc(COc3ccc4ccccc4c3)cc2Cl)on1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12770	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(CC(=O)NC4CCCCC4)c4ccccc4n3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12771	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCCCC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12772	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)N(C)C)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12773	Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CN(C(=O)C4CCN(C(=O)C5CCCCC5)CC4)C3)CC2)c2ccccc2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12774	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NCC(O)c4ccc(C(=O)O)cc4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12775	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(CCC(=O)n5cccc5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12776	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCC4C(=O)NC4CCC(O)C4)cc(C(C)(C)N)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12777	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)NC5CCCCC5)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12778	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)OCc5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12779	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)O)cc(-c4ccc(C)c(C)c4)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12780	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccc(C)c(C)c4)cc4ccccc34)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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