DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12706 CC(=O)CN1CC(C(=O)NC(C(=O)Nc2ccc(OC(C)(C)C)c(C(C)C)c2)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)C1 AlphaDrug 5NLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12707 CC(C)Cc1ccc(-n2c(-c3ccc(OCCCCO)cc3)cc3cc(C(N)=O)ccc32)cc1 AlphaDrug 5NLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12708 CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(N)=O)nc3ccc(-c4ccc(OC(F)(F)F)cc4)cc32)cc1 AlphaDrug 5NLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12709 CC(C)Cc1cc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCCCCc4ccccc4)cc3)cc2)ccc1C(N)=O AlphaDrug 5NLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12710 CC1CN(C(=O)C(=O)NS(=O)(=O)c2cccc3ccccc23)CCN1c1ccc(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5NLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12711 CC(C)Cc1cc(C(=O)NC2CCN(C3CC3)CC2)ccc1-c1ccc(OCC2CC2)cc1 AlphaDrug 5NLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12712 CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(N)=O)nc3ccc(-c4cccc(OCC(=O)O)c4)cc32)cc1 AlphaDrug 5NLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12713 CC(C)Cc1ccc(-n2c(-c3ccc(C(=N)N)cc3)cc3cc(C(N)=O)ccc32)cc1 AlphaDrug 5NLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12714 CC(O)c1ccc(N(C)C(O)C(O)C(C)(C)C)cc1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NO AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12715 O=S(=O)(c1cccc(Nc2nc3ccc(-c4ccccc4)cc3s2)c1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12716 CC(OC(=O)C1CCCC1)c1ccc2c(c1)[nH]c(=O)n2-c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12717 CC(O)c1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(-c3ccc4c(c3)CCCO4)cc2)cc1 AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12718 CC(N)C(=O)Nc1ccc(C(C)O)cc1C(=O)NC(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)C(C)(C)C AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12719 Cc1n[nH]c2ccc(-c3ccc4sc(N5CCCC(C(=O)Nc6ccc(C(C)O)cc6)CC5)nc4c3)cc12 AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12720 CC(O)c1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(-c3ccc4[nH]n(-c5ccc6ccc(C(=O)N7CCOCC7)cc6c5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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