DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12661 COc1cc(C(=O)c2ccc(O)c(O)c2)c(C)c(C(=O)c2cn(C3CCN(S(C)(=O)=O)CC3)c3ccccc23)c1O AlphaDrug 6JON ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12662 N#CCNC(=O)C(CNC(=O)c1ccc(-c2ccc([SH](c3ccccc3)C(F)(F)F)cc2)cc1)C(O)CO AlphaDrug 6JON ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12663 CC1=C(NC(=O)c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)CC(=O)c2ccccc21 AlphaDrug 6JON ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12664 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC3CC(CN4CCCC4)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12665 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4ccc5cc(C(F)(F)F)ccc5c4)C3)cc2c1 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12666 COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)c3cccc(-c4ccccc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12667 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC3CC(CN(C)CC(C)C)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12668 COc1ccc(-n2nc(C(=O)NCCC3CCCCC3)c3cnc(C(C)(C)C)nc32)cc1 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12669 COc1ccc(C(NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(N)CC(C)C)NC(=O)C(C)C(C)C)cc1Cl AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12670 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC3CCC(CNS(=O)(=O)c4ccccc4N)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12671 CCCCCCCCCn1cc(S(=O)(=O)NCC2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(OC)cc4)cc3)C2)c2ccccc21 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12672 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC(C(=O)NC3CCCCC3)C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12673 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4cc(F)cc(Cl)c4)CCC3O)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12674 CC(C)c1ccc(-c2cc(-c3nnn(C)c3C(F)(F)F)cc(C(C)(C)C)c2)cc1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12675 Cc1cc(C(=O)NCc2cnn(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)ccc1-c1ccccc1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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