DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12631 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(C4(NS(=O)(=O)CC5CC5)CC4)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12632 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(C4CCCC4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12633 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(CCCCC4(C(=O)O)CC4)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12634 CC(C)CC(N)CC(=O)N1CCC(c2ccc(Cl)c(Cl)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12635 CC(C)CC(=O)N1CCC(Cc2c[nH]c3ccc(C4=NC(CC5CCCC5)C4)cc23)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12636 CC(C)Cc1cc(-c2ccc(C(=O)O)s2)c(Cl)cc1F AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12637 CC(C)Cc1cc(-c2nc(-c3ccc(CC4CCCCCC4)cc3)no2)ccc1C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12638 COc1cc(-c2ncccn2)ccc1NS(=O)(=O)N1CCN(c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12639 CC(C)c1ccc(C2=C(c3ccc(Cl)c(Cl)c3)CCC2)cc1 AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12640 CC(C)Cc1cc(-c2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3F)no2)ccc1C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12641 CC(C)Cc1ccc(C(O)C(=O)NC(=O)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12642 CC(C)c1cc(C2CCC(n3c(-c4ccc(F)cc4)nc4c(F)cc(F)cc43)CC2)ccc1F AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12643 CCCCOc1cc(-c2noc(-c3ccc(C4CCCCC4)c(CC(C)C)c3)n2)ccc1C AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12644 CC(C)Cc1cc(-c2nnn(C)c2-c2ccc(Cl)cc2)ccc1C1CCCC1 AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12645 CC(C)Cc1cc(-c2nn(CCCN)c3ccc(F)cc23)ccc1C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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