Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12616	CC(C)C(=O)N1CCC(c2ccc(C3CCCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12617	CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(C4(N(C)C)CC4)nc3)c2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12618	CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3cnn(CCC4CCCC4)c3)c2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12619	CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3cccnc3)c2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12620	CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccc(C3CCCCC3)cc2Cl)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12621	CC(C)CC(=O)N1CCC(C2CCCC(NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)C2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12622	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(O)c(N[SH](C)(=O)C(F)(F)F)c1)C1CCCCC1	AlphaDrug	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12623	Cc1cc(C2CCCCC2)ccc1C1CCN(C(=O)CC(C)C)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12624	CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccc(CCC(=O)N3CCC(c4cc(Cl)c(Cl)c(Cl)c4)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12625	CC(=O)N1CCC(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12626	CC(C)CC(=O)N1CCCC(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12627	CC(C)CC(=O)N1CCC(C2CCCC(N3CCC(c4ccc(Cl)cc4)CC3)C2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12628	Cc1ccc(-c2cnc3[nH]cc(C4CCCC(C5CCN(C(=O)CC(C)C)CC5)C4)c3c2)cc1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12629	CC(C)CC(=O)N1CCC(Sc2ccc(C3CCCCC3)cn2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12630	CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(C4(C(=O)NCCCCCCCCCCCC(=O)O)CC4)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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