DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12556 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccnc(C4(C(=O)O)CC4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12557 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(C4CCCCC4)nc3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12558 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(C4(C(=O)O)CC4)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12559 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3cccc(Cl)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12560 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(CCC4CCCCC4)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12561 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3cccc(N)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12562 CC(Cc1ccc(OCC(F)(F)F)cc1)C1CCC(N2CCC(C(=O)O)CC2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12563 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12564 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3cnc(CCC4CCCC4)c(Cl)n3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12565 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(C3CCCCC3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12566 CC(C)CC(=O)N1C=CC(C2CCc3c([nH]c4cc(OCCCCCN)ccc34)C2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12567 CC(C)CC(=O)N1CCC(N2CCC(c3ccc(Cl)c(Cl)c3)CC2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12568 Cc1ccc(-c2cc(NC(=O)CC(C)C)cc(OCCC3CCCCC3)c2)cn1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12569 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccc(OCC3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12570 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(C4(C(=O)Nc5ccc(Cl)cc5)CC4)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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