DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12511 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc(C(=O)O)ccc3n2Cc2ccccc2)C1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12512 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccccc3C(=O)O)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12513 CC(=O)CCC(=O)N1CCCC(Nc2ccc(-c3cccc(OCC(=O)O)c3)cc2)C1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12514 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(Oc4cccc(OCC(=O)O)c4)c3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12515 CC(=O)N1CCC(Nc2ccc(-c3cncnc3OCC(=O)O)cc2)CC1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12516 COc1cccc(/C2=C/C=C\C(c3ccc(C(=O)O)c(NC4CCN(C(C)=O)CC4)c3)=C/C(C(F)(F)F)O2)c1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12517 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(OCCC4CCCCCC4)c3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12518 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C3=C/C(C(F)(F)F)O/C(c4cccc(OCC(=O)O)c4)=C/C=C\3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12519 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(OC4CCCC4)c3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12520 CS(=O)(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc(CC(=O)O)c(C(F)(F)F)c3)n2)CC1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12521 CS(=O)(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc(Oc4ccccc4)nn3)c2)CC1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12522 CS(=O)(=O)C1CN(c2nc(Nc3ccc(O)c(NC(=O)NC4CC4)c3)nc(C3CCC(NC(=O)NC4CCCCCC4)CC3)n2)C=CN1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12523 CS(=O)(=O)C1CCCN(C#N)CC1Nn1cc(-c2ccc(F)c(F)c2)nn1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12524 CS(=O)(=O)c1ccc(Nc2ncc(F)c(-c3ccc(OC(F)(F)F)c(C#N)c3)n2)cc1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12525 Cc1nn(C)c2cccc(-c3ccc(C(=O)NC(CC(=O)O)c4ccccc4)c(N4CCN(S(C)(=O)=O)CC4)c3)c12 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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