DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12496 CN(c1cc(-c2ccccc2-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(C(C)(C)C(=O)O)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12497 CN(c1cc(Oc2ccccc2)cc(Cc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1C(F)(F)F)C1CCCCC1 AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12498 CN(c1cc(Oc2ccccc2)cc(C(=O)NCC(F)(F)F)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12499 CC(C)C(CC(=O)O)c1cccc(-c2cc(N(C)C3C=CCCC3)n[nH]2)c1 AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12500 O=C(Nc1cc(-c2c[nH]nc2C(F)F)nn1-c1ccc(F)cc1)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12501 O=C(Nc1cc(-c2c[nH]c3ccc(C(F)(F)F)cc23)nn1-c1ccc(F)cc1)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12502 Fc1cc(-n2nc(C3CC3)cc2-c2ccncc2)cc(F)c1Cl AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12503 Fc1ccc(-n2nc(C3CCNC3)cc2-c2ccn[nH]2)cc1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12504 O=C(Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1)N1CCC(c2ccc(F)cc2)C1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12505 O=C(Nc1cc(-n2cccn2)nn1-c1ccc(F)cc1)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12506 O=C(Nc1cc(-c2cccc3ccccc23)nn1-c1ccc(F)cc1)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12507 O=c1[nH]c2nnc(-c3ccc(F)cc3)c(CN3CCOCC3)c2n1C1CCCCC1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12508 O=C(Nc1cc(-c2c[nH]nc2-c2cccc(OCCN3CCOCC3)c2)nn1-c1ccc(F)cc1)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12509 O=C(Nc1cc(-c2ccc(F)c(F)c2)nn1-c1ccc(F)cc1)NC1CC1 AlphaDrug 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12510 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C3=C/C(C(F)(F)F)O/C(c4cnnn5cc(Cl)cc45)=C/C=C\3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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