Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12466	NS(=O)(=O)c1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)NC4CCCCC(C(=O)O)C4)cc3)CC2)c2ccccc12	AlphaDrug	4NH7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12467	NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2cc3ccccc3s2)cc1	AlphaDrug	4NH7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12468	CONC(=O)C1=C(C(=O)Nc2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)Cc4ccccc4)CC3)cc2)CCC1	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12469	Cc1ccc(-c2ccc(CC(C)NC(=O)C3CCCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12470	CC(C)CN1CCN(c2ccc(C(=O)OC(C)(C)c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12471	CONC(=O)C1=C(C(=O)Nc2ccc(N3CCN(c4ccc5c(c4)CCCCC5)CC3)cc2)CCC1	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12472	CNC(=O)C12CCC(C(=O)NCc3ccc(C(C)(C)C)cc3)(CC1)NC2=O	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12473	CONC(=O)C1=C(c2ccc(Oc3ccc(Cl)cc3)cc2)CCC1	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12474	CONC(=O)C1=C(C(=O)Nc2ccc(N3CCN(c4ccc5ncccc5c4)CC3)cc2)CCC1	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12475	CONC(=O)C12CCCC(c3nnn(Cc4ccc(Cl)cc4Cl)c3C)(C1)C2	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12476	CONC(=O)C1=C(C(=O)Nc2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)CC3)cc2)CCC1	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12477	CN1CCN(c2ccc(C(=O)Oc3ccc(CC(=O)O)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6H33	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12478	COc1cc(O)cc(-c2cc(Cc3cc(C(=O)N4CCN(C)CC4)ccc3C(=O)Nc3cc(C4CCCCC4)on3)cc(C(=O)N(C)C)c2)c1	AlphaDrug	4Q93	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12479	CC(C)NC(=O)c1cc(Nc2nc(-c3ccc(N4CCN(C)CC4)cc3)n[nH]2)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccnc3)c2)c1	AlphaDrug	4Q93	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12480	COc1cc(O)cc(-c2cc(Cc3cc(C(F)(F)F)ccc3C(=O)Nc3cc(C(C)(C)C#N)on3)no2)c1	AlphaDrug	4Q93	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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