DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12406 Cn1nc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1C(O)(CN1CCC(N2CCCCC2)CC1)C(F)(F)F AlphaDrug 6G9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12407 Cn1c(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)cnc1-c1ccc(F)c(NC(=O)C2(c3cccc(Cl)c3)CCC2)c1 AlphaDrug 6G9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12408 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(Nc2nc(NC3CCCCC3)nc3ccccc23)c1Cl AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12409 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(Nc2nc(NC3CCCCC3)nc3ccccc23)n1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12410 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(Nc2nc(NC3CCC3)nc3ccccc23)n1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12411 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(Nc2nc(Nc3ccc(Cl)c(Cl)c3)nc3c(N4CCCC4)nccc23)n1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12412 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(NS(=O)(=O)c2ccc(Cl)cc2)n1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12413 C=C(C)c1ccc(C(=O)N2CCC3C2CC(C(C)(C)O)N3S(=O)(=O)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12414 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc2Cc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12415 Cc1ccc(-c2cc3nc(NC4CCCCC4)nc(Nc4cc(C(=O)NC(C)(C)C)ccc4F)n3n2)cc1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12416 CC(C)(C)NC(=O)C(Cc1ccc(NC(=O)Nc2ccc(Cl)cc2)cc1)NC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12417 CN(C)C1CCC(Nc2nc(Nc3nc(C(=O)NC(C)(C)C)ccc3F)c3ccccc3n2)CC1 AlphaDrug 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12418 O=C(NCCCCCCCNC(=O)c1cc(O)ccc1O)c1ccc(N2CCCC2)cc1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12419 N=C1CCCN1c1ccc(C(=O)Nc2cccc(O)c2)cc1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12420 O=C(NCCc1ccc(N2CCCCC2)nc1)c1cccc(-c2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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