Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12391	O=C(c1cc(-c2ccc(F)cc2)nn(Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)c1=O)N1CCC(c2ccc(F)cn2)CC1	AlphaDrug	5OA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12392	C=CC(=O)N1CC(Nc2cccc(C(=O)Nc3ccccc3-c3ccccn3)c2)CCC1c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5OA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12393	O=C(Nc1ccc(F)c(NC(=O)c2cccnc2OC2CCCCC2)c1)c1ccccc1F	AlphaDrug	5OA2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12394	N#Cc1cc(Cl)ccc1C(=O)N1CCC(c2nnc(-c3ccc(F)cc3)o2)CC1	AlphaDrug	5OA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12395	CC1CCC(Nc2ccc(F)c(N)c2)CN1C(=O)c1ccc(F)cc1OC(F)(F)F	AlphaDrug	5OA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12396	Cc1cc(-c2cccc(F)c2)n(-c2ccc(C(=O)N3CCN(c4cccc(C(=O)Nc5ccccn5)c4)CC3)cc2)n1	AlphaDrug	5OA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12397	O=C(c1cc(-c2ccc(F)cc2)nn(Cc2ccccc2)c1=O)N1CCC(c2ccc(F)nc2)CC1	AlphaDrug	5OA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12398	Cc1c(N)cc(C(=O)Nc2cc(-c3ncc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)n3C)ccc2F)cc1O	AlphaDrug	6G9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12399	CC(Oc1ccc(F)c(F)c1)c1ccc(-c2ccc3c(c2)CCN(Cc2ccc4ccccc4c2)CC(O)C3)cc1	AlphaDrug	6G9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12400	Cn1c(C(=O)NC2C=CCCC2NC(=O)NC2CCCCC2)cnc1-c1ccc(F)c(F)c1	AlphaDrug	6G9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12401	Cn1c(-c2ccc(O)c(O)c2)cnc1-c1ccc(Cl)c(CNC2CC2)c1	AlphaDrug	6G9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12402	Cn1c(-c2cccc(C#N)c2)cnc1-c1ccc(F)c(NC(=O)C2(c3cccc(Cl)c3)CC2)c1	AlphaDrug	6G9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12403	Cn1c(-c2ccc(F)cc2)cnc1-c1ccc(F)c(NC(=O)C2(c3ccc4ccccc4n3)CC2)c1	AlphaDrug	6G9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12404	Cn1c(-c2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)cnc1-c1ccc(F)c(NC(=O)C2(c3cccc(Cl)c3)CC2)c1	AlphaDrug	6G9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12405	Cn1c(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cnc1-c1ccc(Cl)c(NC(=O)Nc2cccc(Cl)c2)c1	AlphaDrug	6G9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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