DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12451 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(-c4cccnc4)cc3F)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12452 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2C=CN(c3ccc(-c4cccc(Cl)c4F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12453 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)O)c(O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12454 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(-c4ccccc4-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12455 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(-c4cccc(Cl)c4C)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12456 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(-c4cccc(C#N)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12457 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(Cc4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12458 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2ncnc3cc(OC(F)(F)F)ccc23)cc1 AlphaDrug 4NH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12459 NS(=O)(=O)c1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 4NH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12460 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)nc3cc(C(F)(F)F)ccc23)cc1 AlphaDrug 4NH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12461 NS(=O)(=O)c1ccc(CC(=O)N2CCCCC2C(=O)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 4NH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12462 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(C(F)(F)F)nc3c2ncn3N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 4NH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12463 NS(=O)(=O)c1ccc(CC(=O)N2CCCC(C(=O)NCc3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4NH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12464 NS(=O)(=O)c1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 4NH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12465 NS(=O)(=O)c1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)NC4CC=C(C(=O)O)CCC4)cc3)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 4NH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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