DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12436 Cc1nc(C(F)(F)F)c(NC(=O)c2ccccc2)cc1-c1ccc(NC(=O)C2CCCC(C)(C)CC2)cc1 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12437 CC1(C)CC(=O)OCC(c2ccc(-c3ccc(C(C)(C)O)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12438 CN(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)S(=O)(=O)Cc1cnc(NC2CCNCC2)nc1-c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12439 CN(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)S(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12440 Cc1ccc(-c2cnc(N)c(-c3cnn(CCCN(C)C)c3)n2)cc1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12441 CN(Cc1ccc(C(N)=O)nc1)C(=O)NCCCCOc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12442 CN(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)S(=O)(=O)c1ccc2cccc(NC(=O)CCCCCCCCCCCCN)c2c1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12443 CN(Cc1ccc(OC(=O)C(=O)O)c(N)c1)C(=O)NCCCOc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12444 NS(=O)(=O)Nc1ccc(Nc2nc(-c3cccc4ccccc34)cnc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12445 CN(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)S(=O)(=O)c1ccc2ncn(CC(O)C(=O)O)c2c1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12446 CN(Cc1ccc(C(O)(CCC2CCCCC2)C(=O)NC(CCCCC(=O)O)C(=O)O)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12447 CN(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)S(=O)(=O)c1ccc2cccc(OC(=O)C(O)NC(CO)C(C)(C)C)c2c1 AlphaDrug 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12448 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)N4CCN(c5cccc(C)c5)CC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12449 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=Cc3ccc(-c4ccccc4-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12450 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)NC(Cc3ccccc3)C(C)(C)P(=O)(O)C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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