DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12376 Cc1cccc(Oc2cc(NC(=O)NC3CC3)c3ccccc3n2)c1 AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12377 Cc1cc(-c2cn(C3CCCCC3)c(=O)[nH]2)nc(C)c1C AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12378 CN(C)c1ccc(-c2nnc(-c3ccc(C(=O)O)s3)s2)cc1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12379 CN(C)c1ccc(-c2nn(C3CCN(c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12380 Cc1ccc(N2CCC(n3nc(-c4ccc(N(C)C)cc4)c4ccccc43)CC2)c(OCC(=O)O)c1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12381 CN(C)c1ccc(-c2nn(C3CCN(c4ccccc4OCC(=O)O)CC3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12382 Cc1cc(-c2ccc(N(C)C)cc2)nn1C1CCN(c2cc(C(=O)OC(C)(C)C)ccc2N)CC1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12383 CN(C)c1ccc(-c2nnc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)s2)cc1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12384 O=C(Nc1ccc(-c2cccc3ccccc23)s1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12385 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3ccc(N(C)C)cc3)s2)cc1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12386 Cc1c(OC2CC2)ncnc1N1CCC(n2nc(-c3ccc(N(C)C)cc3)c3ccccc32)CC1 AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12387 Cc1ccc(N2CCC(n3nc(-c4ccc(N(C)C)cc4)c4ccccc43)CC2)cc1C AlphaDrug 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12388 O=C(C1CCN(c2ccc(N3CCOCC3)c(Cl)c2)CC1)N1CCN(c2cccc(F)c2)CC1 AlphaDrug 5OA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12389 Cc1ccc(-c2ccc(F)cc2)c(OCC(=O)Nc2cccc(-c3ccccn3)c2)n1 AlphaDrug 5OA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12390 O=C(c1cc(-c2ccc(F)cc2)c(-c2cccc(Cl)c2)[nH]c1=O)N1CCC(c2cc[nH]n2)CC1 AlphaDrug 5OA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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