Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12316	Nc1ccc(-c2cc(N3CCC(NS(=O)(=O)c4ccccc4)CC3)ccc2O)cc1-c1ccc(O)c(C(=O)O)c1	AlphaDrug	5G46	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12317	O=C(O)c1cc(-c2cc(-c3cc(F)c(F)c(NS(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4)c3)ccc2O)ccn1	AlphaDrug	5G46	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12318	CC(CN1CCN(c2ccc(-c3cncc(C(F)(F)F)c3)cc2)CC1)C(=O)NC1CCC(N2CCCCC2)CC1	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12319	CC(C)(C)NC(=O)c1cc(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)ccc1O	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12320	CC(C)(C)NC(=O)c1cc(-c2ccc(-c3cccc(-c4cnc(C(F)(F)F)nc4)c3)cc2)ccc1O	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12321	Cc1cc(C(C)(C)C)nc2cc(-c3ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc3)cc(O)c12	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12322	Cc1ccccc1-c1ccc(-c2ccc(O)c(C(=O)NC(C)(C)C)c2)cc1	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12323	COc1ccc(-c2ccc(O)c(C(=O)NC(C)(C)C)c2)c(C(=O)OC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12324	CC(C)(C)c1ccc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4C=CN(c5ccc6ccccc6c5)CC4)c3c2)cc1	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12325	CC(C)(C)NC(=O)c1cc(-c2noc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)n2)ccc1O	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12326	CC(C)(C)NC(=O)c1cc(-c2ncc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)s2)ccc1O	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12327	CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cn1	AlphaDrug	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12328	CC(C)C(=O)N1CCC(Oc2ccc(C(=O)c3ccc(N4CCN(C)C(C)C(C)(C)CC4)cc3)c3ccccc23)CC1	AlphaDrug	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12329	CC1N(C(=O)c2ccc(/C=C/c3cccc4ccccc34)cc2)CC(c2ccc(F)c(F)c2)NC1(C)C	AlphaDrug	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12330	CC1N(c2ccc(C(=O)NCC3(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)cc2)CC(Cc2ccccc2)C1(C)C	AlphaDrug	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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