DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12286 CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1nc(-c2ccccn2)cc2nc(C)ccc12 AlphaDrug 6A87 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12287 CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1nc(-c2nc(C(C)C)cs2)cc2cc(C)ccc12 AlphaDrug 6A87 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12288 O=C(NO)c1ccc(-c2ccc3cccc(CNC(=O)c4cccc(OCCOCc5ccccc5)c4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12289 O=C(NO)c1ccc(C(Cc2ccc3ccccc3c2)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5EFH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12290 O=C(NO)c1ccc(-c2cc(-c3cccc(OC(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12291 N#Cc1ccc(C(=O)NCc2cccc3ccc(-c4ccc(C(=O)NO)cc4)cc23)nc1 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12292 O=C(NO)c1ccc(-c2ccc3cccc(COc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12293 N#Cc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(C(=O)NO)c(F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12294 O=C(NO)c1ccc(-c2ccc3cccc(CNC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12295 N#Cc1cccc(C(=O)NCc2cccc3ccc(-c4ccc(C(=O)NO)cc4)cc23)c1 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12296 CC12CCC(NC(=O)c3cccc(O)c3)CC1CCC(C(=O)O)C2 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12297 O=C(NO)c1ccc(-c2ccc3cccc(CNC(=O)c4cccc(OC(F)(F)F)c4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12298 Cc1c(CNC(=O)Cn2cncc2Cc2ccc(Cl)cc2)noc1-c1ccc2c(c1)CCN2C1CCCCC1 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12299 Cc1c(CNC(=O)Cn2cncc2Cc2ccc(Cl)cc2)noc1-c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12300 Cc1cccc(-c2cnc(Nc3cc(C)on3)s2)c1 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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