Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12226	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(C(=O)C4(C(=O)O)CC4)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12227	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(C(=O)NC4CC4)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12228	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(c4ncccc4C)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12229	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCCCC(=O)N3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12230	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(N)=O)c3)c2)cc(CC2CCCC2)c1Cl	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12231	COc1cccc(-c2cccc(NC(=O)c3cc(CC4CCCCC4)nc(OC)c3)c2)c1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12232	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(C(=O)N4CCCC4)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12233	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc(CC2CCCNCC2)c1Cl	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12234	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(C(N)=O)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12235	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(c4cccc(C)c4)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12236	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc(CC2CCCCC2)c1Cl	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12237	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccnn3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12238	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(C(=O)NO)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12239	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(N)=O)c3)c2)cc(CC2CCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12240	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc(CC2CCCCC2)c1C	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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