DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12166 O=C(Nc1ccc(Cl)cc1)C1CCCN1C(=O)c1ccc(Oc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12167 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(O)c2)cc(C(=O)Nc2cccc(Cl)c2)c1 AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12168 Cc1cc(-c2ccc(N3CCCCC3C(=O)NCc3ccc(N(C)c4ccccc4)cc3)cc2)ccc1NC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12169 Cc1cc(-c2ccc(N3CCCCC3C(=O)NCc3cccc4ccccc34)cc2)ccc1NC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12170 Cc1cc(-c2nnc(C3CCCCC3)o2)ccc1NC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12171 Cc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1NC(=O)c1ccc(N2CCCCC2)nc1O AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12172 Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1NC(=O)c1ccc(N2CCCC=C2c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12173 Cc1cc(-c2ccc(N3CCCCC3C(=O)NCc3cccc4c(C#N)cccc34)cc2)ccc1NC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12174 Nc1ncc(C(F)(F)F)nc1-c1ccc(Cc2ccccc2)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12175 Cc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)o1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12176 Cc1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)ccc1NC(=O)c1ccc(C2(C(=O)NCC3CCCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12177 Cc1cc(-c2nnc(C3CCCN3C)s2)ccc1NC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6I61 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12178 CC(CCNc1ccc2c(c1)nc(-c1cccc(Cl)c1)n2C)CC(=O)O AlphaDrug 5EV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12179 CC(C)CCc1ccc(-c2cc(-c3cccc(OCC(=O)O)c3)ccc2C(=O)O)nc1 AlphaDrug 5EV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12180 CNC(=O)c1cc(-c2cc(CC(=O)c3ccccc3)cc(OC)c2)on1 AlphaDrug 5EV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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