Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12196	CC(C)(Cc1ccc(C(N)=O)nc1)Cc1cc(-c2nc(N)nc3c(-c4cn[nH]c4)cccc23)cc(C(F)(F)F)c1F	AlphaDrug	5L8A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12197	CC(C)(Cc1cc(C2CCCC2)cc(C(F)(F)F)c1F)c1nc2ccccc2[nH]1	AlphaDrug	5L8A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12198	CC(C(=O)NCC(=O)O)c1cc(C(=O)O)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12199	CC(C)CC(CN(C(=O)O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)NC(=O)c1cccc(C(=O)O)c1	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12200	CC(C(=O)NCc1ccccc1)c1cc(C(=O)O)ccc1-c1ccccc1	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12201	C/C(=C\C(=O)Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(S(C)(=O)=O)ccc1O	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12202	CC(C(=O)NC1CCCCCC1)c1cc2cc(C(=O)O)ccc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12203	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)C(=O)NCc1ccccc1	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12204	Nc1ccc(C(=O)Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)c(C(=O)O)c1	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12205	Cc1cccc2c1cc(-c1ccc(NC(=O)C(C)c3ccccc3)cc1)n2Cc1ccccc1	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12206	Cc1ccnc2c1c(C)c(C(=O)NCc1cccc(C(=O)O)c1)n2C(C)C	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12207	Cc1cc(C(=O)NCc2ccccc2)ccc1NC(=O)c1ccc(C(C)C(=O)CC(=O)O)cc1	AlphaDrug	6F1N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12208	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCCC(N)(C(N)=O)C3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12209	COc1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3cccc(C(F)(F)F)c3)s2)cc(CC2CCCNC2)c1F	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12210	CN(Cc1ccccc1)CC1CCN(C(=O)CCc2c[nH]c3ccc(C(=O)O)cc23)CC1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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