Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12241	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc(CC2CCNCC2)c1C	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12242	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CC=CC(N)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12243	COc1cc(CC2CCCCC2)cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(N)=O)c3)c2)c1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12244	COc1cc(C(=O)/N=C/c2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc(CC2CCCCC2)c1Cl	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12245	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(c4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12246	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCCCC3O)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12247	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3(C(=N)N)CCCCC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12248	O=C(Nc1cccc(OC2CCCC2)c1)c1cc2ccccc2[nH]1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12249	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCCC(N)(C(=O)O)C3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12250	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(c4cccc5[nH]c(=O)ccc45)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12251	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(c4ncc(C(F)(F)F)cn4)CC3)c2)cc(CC2C=CCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12252	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3ccccc3)c2)cc(Sc2cc(F)cc(Cl)c2)c1Cl	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12253	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(N3CCCC3O)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12254	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(c4cccc5cn[nH]c45)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12255	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc(CC2CCNCC2)c1Cl	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

12241 to 12255 of 73725 items. Total 4915 pages.