Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12271	CC(Cc1ccc(C(=O)N2CCCN(C(=O)O)CC2)cc1)C1CCCCC1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12272	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCNC3)c2O)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12273	OC(c1ccccc1)c1cccc(-c2ccc3ccccc3c2)c1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12274	COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3ccccc3)c2)cc(C)c1OCC1CN(C)CCO1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12275	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(N)=O)c3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12276	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCCC(C(=O)O)N3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12277	COc1cc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(C(C)=O)CC3)c2)cc(CC2CCCCC2)n1	AlphaDrug	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12278	CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1nc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc2nc(C)ccc12	AlphaDrug	6A87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12279	COc1ccc(Oc2ccc(C(C)C)cc2-c2cc(-c3ccccc3C(=O)O)nc(C)n2)cc1	AlphaDrug	6A87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12280	CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1nc(-c2ccccc2)cc2nc(C)ccc12	AlphaDrug	6A87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12281	CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1nc(-c2c(C)cccc2C)cc2c(C)cccc12	AlphaDrug	6A87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12282	CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1ncc(C(=O)O)cn1	AlphaDrug	6A87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12283	CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1nc(-c2nc(C(=O)O)nc(C)c2C)cc2c(C)cccc12	AlphaDrug	6A87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12284	CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1nc(-c2ccc(C)c(C)c2)cc2nc(C)ccc12	AlphaDrug	6A87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12285	CCN(c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1nc(-c2ccc(CC(C)(C)CC)c(C)c2)cc2nc(C)ccc12	AlphaDrug	6A87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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