DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12301 Cc1c(CNC(=O)OC(c2ccccc2)C(F)(F)F)noc1-c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12302 Cc1nc2ccc(-c3onc(CNC(=O)Cn4cncc4Cc4ccc(Cl)cc4)c3C)cn2n1 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12303 Cc1c(CNCc2ccccc2)nsc1CN1CCN(C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12304 Cc1c(CNC(=O)Cn2cncc2Cc2ccc(Cl)cc2)noc1-c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12305 Cc1c(Cl)c(CNS(=O)(=O)NC(=O)c2ccc(-c3nnn[nH]3)cc2)c(C)c2ccccc12 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12306 Cc1cccc(-c2onc(CNC(=O)Cn3cncc3Cc3ccc(Cl)cc3)c2C)c1 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12307 Cc1c(CNC(=O)Cn2cncc2Cc2ccc(Cl)cc2)noc1-c1cccc2[nH]ccc12 AlphaDrug 5LZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12308 O=C(O)c1cc(-c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)ccc2O)ccc1O AlphaDrug 5G46 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12309 O=C(O)c1cn2c(-c3ccc(O)c(C(=O)O)c3)cn(-c3ccc(C4CCCCC4)cc3)c2n1 AlphaDrug 5G46 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12310 O=C(O)c1cc(-c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)cc(Cl)c2O)ccc1O AlphaDrug 5G46 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12311 O=C(O)c1cc(-c2cc(Oc3ccc4c(C(=O)NS(=O)(=O)c5ccccc5)cccc4c3)c(Cl)cn2)ccn1 AlphaDrug 5G46 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12312 O=C(O)c1cc(-c2cc(N3CCc4cnc(Oc5ccccc5)cc4C3=O)ccc2O)ccc1O AlphaDrug 5G46 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12313 O=C(Nc1ccc(Oc2ccc3ccccc3c2)cc1)c1ccc(O)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5G46 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12314 O=C(O)c1cc(-c2cc(N3CCC(=Cc4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)ccc2O)ccn1 AlphaDrug 5G46 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12315 O=C(O)c1cc(-c2cc(N3CCC(=Cc4ccc(N5CCC(F)(F)CC5)cc4)CC3)ccc2O)ccc1O AlphaDrug 5G46 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

12301 to 12315 of 73725 items. Total 4915 pages.