DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12361 CC(=O)Nc1nc(N2CCCCC2)nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)[nH]c12 AlphaDrug 4XIR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12362 CC(=O)N1CCC(c2cc(=O)n(CC(=O)O)c3c(Cl)ccc(C)c23)CC1 AlphaDrug 4XIR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12363 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cn3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4XIR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12364 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)NC3CCCCC3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4XIR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12365 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4XIR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12366 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)NCCCC(=O)O)cc2n1Cc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4XIR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12367 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4XIR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12368 Cc1nn(C)cc1Cn1cc(-c2ccc(C(=O)NCC3CC3)cc2)cn1 AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12369 Cc1c(Nc2ccccc2)cc2cccc(OCCCN(C)C)c2c1C(=O)NC(C)(C)C AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12370 CCN1CCN(c2cc(C(=O)Nc3cc(C)cc(OC)c3)cc(C(C)(C)C)c2)CC1 AlphaDrug 4ZX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12371 Cc1ccc(-n2nc3cc(O)ccc3c2CC2CCNCC2)cc1 AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12372 Cc1cc(-c2cnc3ccc4c(c3c2)CN(C)CCN4C(=O)N2CCN(c3cccc(F)c3)CC2)cc(C)n1 AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12373 Cc1cc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCC4CC4)cc3)cc2)cc(C)c1C AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12374 Cc1cc(Nc2ncc(C(=O)Nc3c(C)cccc3Cl)s2)cc(N2CCN(CCO)CC2)n1 AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12375 Cc1cc(C#N)cc(-c2cc(C3CCNCC3)nc3[nH]c(=O)[nH]c23)c1 AlphaDrug 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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