DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12331 CC1N(C(=O)c2ccc(/C=C/c3cccc4ccncc34)cc2)CC(c2ccc(F)c(F)c2)NC1(C)C AlphaDrug 4Y4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12332 CC1N(c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)n3)cc2)CC(c2ccc(F)cc2F)NC1(C)C AlphaDrug 4Y4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12333 CC1N(C(=O)c2ccc(/C=C/C(=O)NC3CCC(C(=O)O)C3)cc2)CC(c2ccc(F)c(F)c2)NC1(C)C AlphaDrug 4Y4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12334 CCC(C)C(NC(=O)c1ccc(OC)cc1)C(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC1CCC(C2CCCCCC2)C1 AlphaDrug 4Y4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12335 CC1N(C(=O)c2cccc(NS(C)(=O)=O)c2)CC(c2ccc(F)c(F)c2)NC1(C)C AlphaDrug 4Y4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12336 CC1(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(-c3cccc(C(=O)NC4CCC(C(=O)O)C4)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4Y4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12337 CC1N(C(=O)c2ccc(/C=C/OC(=O)N(C)C)cc2)CC(c2ccc(F)c(F)c2)NC1(C)C AlphaDrug 4Y4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12338 Cc1cc(C(=O)C2CCCCC2N)cc(C(=O)O)c1N AlphaDrug 6I67 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12339 O=C(c1ccc(C#Cc2ccccc2)cn1)N1CCCC1Cc1cccc(C(c2ccccc2)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4WT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12340 O=C(c1ccc2ccccc2c1)N1CCCC1Cc1cccc(C(c2ccccc2)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4WT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12341 O=C(c1ccc2ccccc2c1)N1CCCC1Cc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4WT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12342 O=C(O)CCCCn1nncc1-c1cccc(C(=O)N2CCCC2Cc2ccc(N3CCN(C(=O)C4CCCC4)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 4WT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12343 O=C(c1ccccc1)N1CCCC1Cc1ccc(C(Cc2ccccc2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4WT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12344 O=C(C(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(N2CCCC2)cc1)N1CCCC1Cc1ccccc1 AlphaDrug 4WT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12345 Cc1cccc2[nH]c(C3C(C)CC(C)N3Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)nc12 AlphaDrug 4WT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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