DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12421 O=C(NCc1c(O)cccc1F)c1ccc(N2CCCC2)cc1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12422 O=C(NCc1ccc(C(=O)NCC2(c3ncc(F)cn3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12423 O=C(NCc1ccc(C(=O)NC2CCCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12424 O=C(NCc1ccc(C(=O)NCC2CCCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12425 O=C(NCc1ccc(C(=O)NC2CCCCN(C(=O)N3CCOCC3)C2)cc1)c1cccc(-c2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12426 O=C(NCCC1CCCCC1)c1ccc(-c2ccc(O)cc2)cn1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12427 O=C(NCCCc1ccc(OCC2CCCC2)cc1)c1ccc(-c2ccc(O)cc2)cn1 AlphaDrug 6HLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12428 CC(C)(C)Oc1ccc(C2CCC(C)(C)C(C)(N)C2)cc1 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12429 CC1(C)CCC(NC(=O)c2cc(Cl)ccc2O)(c2ccc(-c3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12430 CC(C)Oc1ccc(C2CCC(C)(C)OCC(=O)OC2)cc1 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12431 Cc1cc(-c2ccc(O)cc2)cc2[nH]c(-c3cccc4c3CC(C)C4)nc12 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12432 CC1(C)CC(=O)N(C2CCC(C)(c3ccc(-c4ccccc4)cc3)C2)C1 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12433 CC1(C)CCC(CN2CCC(c3ccc(Cl)cc3)CC2)(c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CC1 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12434 CC1(C)CC(C)(C)c2c(O)cc(-c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)cc21 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12435 Cn1nc(C2CC2)c2cc(C(=O)NC3CCCC(C)(C)NC3=O)ccc21 AlphaDrug 6FNG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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