DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12481 COc1cc(O)cc(-c2cc(Cc3cc(C#N)ccc3C(=O)Nc3cc(C4CCC4)on3)c3ccc(OC)cc3n2)c1 AlphaDrug 4Q93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12482 COc1cc(O)cc(-c2cc(Cc3cc(C(=O)N4CCN(C)CC4)ccc3C(=O)Nc3cc(C4CCCCC4)on3)c3c(C)cccc3n2)c1 AlphaDrug 4Q93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12483 COc1cc(O)ccc1S(=O)(=O)NCCCCCCCC(=O)Nc1ccc(-c2cc(F)cc(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 4Q93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12484 COc1cc(O)cc(-c2cc(Cc3cc(C(=O)N4CCN(C)CC4)ccc3C(=O)Nc3cc(C4CCCCC4)on3)c3ccccc3n2)c1 AlphaDrug 4Q93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12485 COc1cc2ncc(CCCCc3cc(O)c(O)c(O)c3)cc2cc1-c1ccncc1 AlphaDrug 4Q93 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12486 COc1cc(O)cc(S(=O)(=O)c2ccc(C)cc2-c2ccc3nc(C)cc(NC(C)=O)c3n2)c1 AlphaDrug 4Q93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12487 COc1cc(O)cc(-c2cc(Cc3cc(-c4cnc5ccccc5c4)ccc3C(=O)Nc3cc(C4CCCCC4)on3)cc(OC)c2OC)c1 AlphaDrug 4Q93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12488 Cc1ccc(-c2cc(-c3nnc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)o3)ccc2OCCO)cc1 AlphaDrug 5KBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12489 Cc1ccc(-c2cc(-n3cnc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)n3)ccc2OCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 5KBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12490 CC(C)C(Oc1ccccc1-c1cc(Cl)cc(N(C)C2CCCCCC2)c1)C(=O)NCCCC(=O)O AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12491 CN(c1cc(Oc2ccccc2)cc(Cc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1O)C1CC=CCC1 AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12492 CN(c1cc(Cc2cccc(C3CC3)c2)cc(Oc2ccccc2)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12493 Cc1cc(Sc2cccc(NC(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2)cc(N(C)C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12494 CN(c1ccc(-c2cc(C(C)(C)C)cc(C(C)(C)C)c2)cc1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12495 CN(CC1(c2cc(-c3cc(OCC(=O)O)ccc3OCC(F)(F)F)cc(C(C)(C)C)c2)CCCCC1)c1cc(Cl)c(Cl)cc1OCC(=O)O AlphaDrug 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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