DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12526 COc1ccc(F)cc1N1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(Nc3ncc(-c4cccnc4)nn3)c3ccccc23)CC1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12527 Cn1cc(Nc2nc(N3CCNCC3)cnc2C(F)(F)F)cc1N1CCN(S(C)(=O)=O)CC1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12528 CS(=O)(=O)N1CCN(c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)cc3[nH]c(=O)ccc23)CC1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12529 COc1ccc(Nc2ncc(-c3cncc(CO)c3)c(O)c2O)c(OC)c1 AlphaDrug 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12530 CC(C)N1CCC(Nc2ncnc3nc(-c4cccc(NC(=O)Nc5cc(-c6ccccc6)ccn5)c4)ccc23)CC1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12531 CC(C)N1CCCN(c2ccc(OC3CCN(c4ncnc5ccccc45)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12532 CC(C)N1CCCN(c2ccc(OC3CCN(c4ncc(C(=O)NC5CCCCC5)cn4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12533 CC(C)N1CCC(Nc2nc(-c3ccncc3)cn3c(-c4ccccc4)cnc23)CC1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12534 CC(C)(C)OC(=O)NC1CCCN(c2ccc(Oc3ccccc3)cc2)C1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12535 CC(C)N1CCC(Nc2ncnc3nc(-c4cccc(NC(=O)Nc5cc(O)cc(O)c5)c4)ccc23)CC1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12536 CC(C)N1CCC(Nc2ncnc3nc(-c4cccc(NC(=O)Nc5cc(-c6ccccc6)ccn5)c4)ccc23)CC1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12537 CC(C)N1CCC(Nc2ncnc3nc(-c4cc(N)cc(OCC(F)(F)F)c4)cnc23)CC1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12538 CC(C)N1CCN(c2ccc(Oc3ccc(COc4ccccc4)c4ncn(C)c(=O)c34)cc2)CC1 AlphaDrug 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12539 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3ccc(Cl)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12540 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2ccnc(-c3cccc(NCc4cccnc4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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