DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12151 NC(=O)c1cc(-c2cc3ccccc3n2-c2c(F)cccc2N2CCCCC2)ccc1O AlphaDrug 4O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12152 NC(=O)c1cc(-c2cc3ccccc3n2-c2ccncc2)ccc1O AlphaDrug 4O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12153 NC(=O)CCC(=O)Nc1nc2ccccc2n1Cc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12154 NC(=O)c1cc(-c2cc3ccccc3n2-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1O AlphaDrug 4O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12155 NC(=O)c1cc(-c2cc3c(OCc4ccc(Cl)cc4O)cccc3n2CCCCC(=O)O)ccc1O AlphaDrug 4O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12156 NC(=O)c1cc(C2=CC3=C(OC(=O)C(F)(F)F)C(Cl)=CC3=N2)ccc1O AlphaDrug 4O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12157 NC(=O)c1cc(C2CCN(C(=O)CCCC3CCCCCC3Sc3cccc(C(=O)O)c3)CC2)ccc1O AlphaDrug 4O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12158 Cc1cccc(-c2ccc(F)c(C(=O)Nc3ccc(C)c(Cl)c3C#Cc3cnn(C4CC4)c3)c2)c1 AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12159 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(O)c(O)c2)cc(C(=O)Nc2cccc(Cl)c2)c1 AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12160 Cc1cc(NCc2ccc(O)cc2)ccc1-c1ccc(C)c(=O)n1C AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12161 Cc1ccc(-c2cc(F)cc(C(=O)Nc3ccc(C)cc3C#Cc3cnn(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3C)c2)cc1 AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12162 Cc1cc(NC(=O)C2CCN(c3ccc(Cl)cc3)C2)ccc1-c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12163 Cc1ccc(O)c2c1oc1ccc(C(=O)NC3CCCCCC3)cc12 AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12164 Cc1ccc(-c2cc(Cl)ccc2CNC(=O)c2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12165 Cc1cc(NC(=O)C2C=CN(c3ccc(-c4cccc(Cl)c4)cc3)CC2)ccc1O AlphaDrug 4W9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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