DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12121 COc1ccc(-c2cc(N/C(N)=N\C3CCCCC3)c3[nH]cc(CCCC(=O)O)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12122 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3ccccc3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12123 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(=N)N)CC3)cc(N)c2O)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12124 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(-c4ccc(C)cc4)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12125 COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4ccc5cccnc5c4)CCCC3)c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12126 COc1ccc(-c2cc(NS(C)(=O)=O)c3[nH]c(C(N)=O)c(C)c3c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12127 CCc1ccc(C2N=C(NC(=O)NC3CCCCC3O)NCC23CCN(CC(F)(F)F)CC3)cc1 AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12128 COc1ccc(-c2cc(N/C(N)=N/C3CCCCC3)c3[nH]cc(CC4CCCCC4)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12129 COc1ccc(-c2nc3[nH]cc(CCC4CCCC4)c3[nH]2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12130 COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4ccncc4)CCCC3)c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12131 COc1ccc(-c2cc(NC3CCCCC3)c3[nH]nc(C4CCCCC4)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12132 COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4ccc5nc[nH]c5c4)CCCC3)c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12133 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(CCCC(=N)N)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12134 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC4CCCCC4)C3)cc(N)c2C2CCCCC2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12135 COc1ccc(-c2cc(NC(=O)C3CCCN3C(N)=O)cc3[nH]nnc23)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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