Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12106	COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(-c4ccc(F)cc4)c3n2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12107	COc1ccc(-c2cc(NC(N)C3CCCCC3)c3[nH]nc(CC(=N)N)c3n2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12108	COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4c[nH]c5ccc(F)cc45)CCCC3)c2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12109	COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4ccccc4)CCC3)c2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12110	COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(C(=O)NC4CCCCC4)CCCC3)c2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12111	COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4cccnc4)CCNCC3)c2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12112	COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(CCCC(=N)O)c3n2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12113	COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(-c4ccc(O)c(Cl)c4)c3n2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12114	COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3ncc(C(F)(F)F)cc3n2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12115	COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(-c4ccc(O)cc4)c3n2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12116	COc1ccc(-c2c[nH]c3c(NC4CCN(CC(N)O)CC4)cc(-c4ccc(OC)c(OC)c4)nc23)c(F)c1	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12117	COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4cccnc4)CCCC3)c2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12118	COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(-c4ccc(Cl)cc4)c3n2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12119	COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4c[nH]c5cccnc45)CCCC3)c2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12120	COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(-c4ccc(OC(F)(F)F)cc4)c3n2)cc1OC	AlphaDrug	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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