DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12046 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(N3CCCC(C)C3O)cc2)cc1 AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12047 Cc1ccc(-c2cc(Cl)cc3[nH]c(C(=O)N4CCC(C)C4)cc23)cc1 AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12048 CC1CN(C(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CCN1C(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12049 CC1CCCN(C(=O)c2ccc(C(=O)NCC(=O)NC3CCCCC3)cc2)C1C AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12050 CN(CC(=O)Nc1cccc(C(=O)N(C)c2ccc3ccccc3c2)c1)c1cccc(-c2ccc(F)cc2)c1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12051 CN(CC(=O)Nc1cccc(C(=O)N(C)c2ccccc2)c1)c1ccc(-c2cc(=O)[nH]c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12052 CN(CC(=O)Nc1cccc(C(=O)N(C)c2ccccc2F)c1)c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12053 Cc1cc(F)ccc1-c1cc(-c2ccc(N(C)CC(=O)Nc3cccc(C(=O)N(C)c4ccccc4C)c3)cc2)c2ccccc2n1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12054 CN(CC(=O)Nc1cccc(C(=O)N(C)c2ccccc2)c1)c1ccc(-c2cc(C3CC3)no2)cc1F AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12055 CN(CC(=O)Nc1cccc(C(=O)N(C)c2ccc3ccccc3c2)c1)c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12056 Cc1cc(C(F)(F)F)ccc1N1CCN(c2cccc3cc(-c4cccc(N(C)S(C)(=O)=O)c4)ccc23)CC1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12057 CN(CC(=O)Nc1cccc(C(=O)N(C)c2ccccc2)c1)c1ccc(-c2cc(=O)[nH]nc2-c2ccccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12058 Cc1ccc(CC(N)CNc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1-c1ccnc(N(C)C)c1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12059 CN(CC1(COc2ccccc2)CO1)c1ccc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)sc2c1 AlphaDrug 6MNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12060 COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4ccccc4)CCCC3)c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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