DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12031 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12032 CC12OCC3c4ccc(O)cc4CCC3C1CCC2O AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12033 CC12OC(c3ccccc3)CC13CCC21CCCCC(C3=O)c2ncccc21 AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12034 COc1ccc(O)c(C)c1C(=O)c1c(O)cc(O)c(O)c1O AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12035 CC12OC(c3cccc(O)c3O)CC1(O)C(=O)NC2=O AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12036 CCN1CCN(c2cc(C(=O)c3cccc4ccccc34)ccc2NC(=O)NC(Cc2cccc(O)c2)C(=O)O)CC1 AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12037 CC12OC(CC1(O)CCS)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12038 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccc(O)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)CCNC4=O AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12039 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccc(O)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)CCCNC4=O AlphaDrug 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12040 CC1C/C=C\N(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CCN1C(=O)c1ccc(N2CCC(C(=O)NCC(F)(F)F)CC2)nc1 AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12041 C=C(C)N1CCN(C(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CC1C AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12042 CC1CCCN(C2CCCN(c3ccc(C(=O)N4CCC(C(C)(C)C)CC4)cn3)C2)C1 AlphaDrug 5VO1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12043 CC1CCCN(C(=O)c2cc3c(Cl)c(Cl)cc(Cl)c3[nH]2)C1C AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12044 Cc1ccc(C(=O)N2CCC(C(C)(C)O)CC2)c2cc(C(=O)N3CCCC(C)C3C)nn12 AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12045 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(N3CCN(C)CC(C)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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