DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11971 CC(C)CCC(NC(=O)C(CC(C)C)NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)O AlphaDrug 4MYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11972 CC(C)N1CCC(C(=O)N2CCCCC2C(=O)NO)CC1 AlphaDrug 4MYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11973 CN(C)C(=O)C(NC(=O)c1ccc(N2CCC(C(=O)NCC(C)(C)C)CC2)cc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(N)=O AlphaDrug 4MYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11974 CC(C)CN(C(=O)c1ccc2ccccc2c1-c1cccnc1O)C(C)C AlphaDrug 4MYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11975 CC(C)CN(C(=O)c1ccc(OCC(=O)N2CCC(C(=O)O)CC2)cc1)C(C)C AlphaDrug 4MYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11976 CC(C)C(NC(=O)c1ccc(O)cc1)C(=O)NCC(CCc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 4MYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11977 CC(C)CN(C(=O)c1ccc2c(c1)CCC2C(=O)NC1(c2ccc(Cl)cc2)CCCCC1)C(C)C AlphaDrug 4MYD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11978 CC(C)N(CCc1cccc(O)c1)C(=O)c1ccc(N2CCCCC2C(=O)NO)cc1 AlphaDrug 4MYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11979 CC(=O)Nc1cc2c(Cl)cc(C(C)C)cc2cc1C(=O)NCC(C)C AlphaDrug 4MYD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11980 Cc1cc(C(=O)O)ccc1Cn1c(=O)[nH]c(=O)c2ccccc21 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11981 O=C(O)c1ccc(Cn2c(=O)[nH]c(=O)c3ccccc32)c2ccccc12 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11982 CC1(C)CC(=O)Nc2ccc(-c3nn(CC4CCCCCC4)c4ccccc34)cc21 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11983 O=C(NC(c1cccc(Cl)c1)C1CCCCC1)c1cc2cccc(C(=O)O)c2[nH]1 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11984 Cc1cc(C(=O)O)ccc1Cn1c(=O)[nH]c(=O)c2cc(Cl)ccc21 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11985 O=C(O)c1ccc(Cn2c(=O)[nH]c(=O)c3ccccc32)c(SC2CCCCC2)c1 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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