Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11911	CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(Nc3cnc(C)c(C(=O)NC4CC4)n3)CC2)cc1C	AlphaDrug	5J1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11912	CC(=O)Nc1ccc(N2CCN(c3cccc(C(=O)Nc4cccc(Cl)c4Cl)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5J1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11913	CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc(C(=O)OCCCCc2ccccc2)ccc1Cl)C(=O)OCc1ccccc1	AlphaDrug	6EDR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11914	CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(N)=O)C(=O)O	AlphaDrug	6EDR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11915	C=CC(=O)NC(Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(=O)O)C(C)C	AlphaDrug	6EDR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11916	CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)C1CCCCN1	AlphaDrug	6EDR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11917	CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)OCc1ccccc1	AlphaDrug	6EDR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11918	Cc1cc(C2CCCCCC2)ccc1C(=O)C(NC(=O)C(CC1CCCCC1)NC(=O)c1cn(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)nn1)C(C)C	AlphaDrug	6EDR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11919	CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccc2cc(O)ccc2c1)NC(=O)C1CCC1N)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)O	AlphaDrug	6EDR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11920	CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(CC1CC1O)c1ccc(O)cc1)C(=O)OCc1ccccc1	AlphaDrug	6EDR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11921	O=C1N=C(O)C12CCN(c1ccc(-c3ccc4nc[nH]c4c3)cc1)CC2	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11922	COc1cc(-c2ccc3nc(NC(C)=O)cnc3c2)cc2oc(N3CCC(c4ccccc4)CC3)nc12	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11923	COc1cc(C(c2ccc(N3CCNCC3)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc2oc(N3CCC(NC(C)=O)CC3)nc12	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11924	COc1cc(C(c2ccccc2)c2ccccc2F)cc2oc(N3CCC(NC(C)=O)CC3)nc12	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11925	COc1ccc(C(c2ccc(Cl)cc2)c2cc(OC)c3nc(N4CCC(NC(C)=O)CC4)oc3c2)cc1	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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